1。从培养的人细胞染色质的制备

1.1.cultured细胞（如白血病或lymphoblastoids）的种植密度约为1×106细胞/ ml直到inlog相。
1.2.harvest细胞：离心样品（7000克，10分钟，4°C）和洗细胞颗粒3×冰冷的PBS（磷酸盐缓冲生理盐水）。
它是必不可少的，5毫米丁酸钠在染色质抗体solutionsthroughout isolationwhen acetylatedhistones防止脱乙酰基本。
1.3.resuspend细胞沉淀在TBS（Tris缓冲生理盐水）在2×107个细胞/毫升，加1% V / V吐温40 intbs等量。pmsfto加入终浓度为0.5毫米。离开轻轻地搅拌在冰1hr（转移悬浮a50ml管小磁棒orflea；置管在冰上的磁力搅拌器）。
1.4.transfer细胞一种全玻璃匀浆器和均匀7ml等分七招用“a”或“紧”
杵。检查核已相contrastmicroscopy释放；完整的细胞应该有核的光环包围着中央darkregion，是较不密集的细胞质。

你可能需要增加或减少这一步的最大nucleidepending对细胞系的产量。

1.5.centrifuge样品（10000克，20分钟，4°C）。
1.6.resuspend核颗粒25%【W / V ]蔗糖/ TBS在4x106核／ml和衬底0.5卷50%【W / V ]蔗糖/ TBS；离心样品（14000克，25分钟，4°C）。
1.7.discard上清液5毫升25%【W / V ]蔗糖/ TBS洗核颗粒；离心样品（14000×g，25分钟，4°C）。
在260 nm和280 nm为dilutedsample的nucleisuspension 5mL消化液和checkabsorbance比率1.8.resuspend核颗粒；从a260reading近似计算DNA浓度（比ofa260／A280值应为1.1左右）。离心样品（10000转，10分钟，4°C）和悬浮颗粒细胞核at0.5mg/ml in1.7 ml Eppendorf管（S）


2。微球菌核酸酶消化
通常我们添加50 U微球菌核酸酶每0.5毫克的DNA，在1毫升reactionvolume这通常是提供一次成粉；溶解themicrococcal核酸酶所需要的浓度和存储dh20冲在20等分°C.
等分可以重新冻结，再使用一次。这一步需要仔细控制，尤其是在最初的准备。
高浓度的微球菌核酸酶可能在消化thechromatin tosub核小体颗粒，导致。你的目标应该是获得长/中oligonucleosome梯。
如果纯mononucleosome制剂需要进行linearsucrose梯度（5-20%），这将提高分辨率。

2.1。microccal核酸酶消化进行37°C 5分钟。
2.2。用0.2 M EDTA至最终浓度5毫米此外停止反应。
2.3。将所有样品在冰上5分钟；离心样品（8000克，5分钟）。
2.4。拆下并保持第一的S / N（这就是所谓的S1部分；总体积1毫升）；储存过夜4°C.
2.5。悬浮颗粒1 ml裂解缓冲液和透析overnightagainst 2升相同的缓冲区。
2.6。经过一夜的透析离心样品（500克，10分钟，4°C）。
2.7。删除和保留上清液（称为S2的总分数；volabout 1.2毫升透析后）；在4商店°C.
2.8。重新在200 UL裂解缓冲液不溶性颗粒材料（称为P分数）。
3。水溶性染色质组分分析
3.1。检查所有样品A260/A280比值；S1，S2和pfractions大约有1.7，分别为1.5和1.3。
3.2。1.2%琼脂糖凝胶电泳分析样品。

不要将溴化乙锭的琼脂糖凝胶或electrophoresisbuffer，因为有SDS（见下文）。
3.3。样品的制备：XUL（共5μg（S1，S2）染色质部分和P）尤蒸馏水（x + y = 25ul）3ul 1%【w／v ] SDS（终浓度0.1%）2 ulgel负载缓冲液，含溴酚blue3.4。染色的凝胶with0.5ug/ml溴化乙锭后跑了
4。免疫沉淀
4.1.100-200ug非染色质+ 100-200ul亲和纯化抗体（50-100ug Ig）和最终体积由1.0ml与incubationbuffer。阴性对照，不加抗体，也需要设置为任何nonspecificbinding的染色质的蛋白A琼脂糖凝胶试验。
4.2incubate过夜4°C在缓慢旋转的转台。添加200ul50 % V／V蛋白A琼脂糖凝胶；用尖截止siliconizedpipette让这一步容易。孵育3小时在室温下快速旋转的转盘。
（确保琼脂糖是悬挂在所有时间）。
4.3.centrifuge样品（3000克，10分钟，4，取出保持°C）S / N；这是未绑定的（或“U”）分数。
4.4.resuspend 1ml缓冲层琼脂糖颗粒上相同的缓冲使用硅酮9mlof巴氏吸管和硅化15ml管。
4.5.centrifuge样品（10000克，10分钟，4°C），丢弃的S / N的sepharos andwash。
4.6.finally，悬浮在1毫升缓冲液C和琼脂糖凝胶转移到硅化eppendorfs。
4.7.centrifuge样品（3000克，10分钟，4°C）和悬浮颗粒在1% SDS／thesepharose 250ul bufferand孵化孵化15分钟在室温快速转台。（确保琼脂糖isthoroughly悬浮在所有的时间）。
4.8.centrifuge样品（3000克，10分钟，4、消除及保持°C）/ n；这是绑定的（或“B”）分数。
4.9.wash琼脂糖在250ul 1% SDS／孵化缓冲andcentrifuge立即（3000 g，10 min，4°C）。
拆下的S / N和池与以前的结合部分由过去的一步。
5。DNA的分离
增加缓冲区的每个绑定分数500ul潜伏期，减少sdsconcentration 0.5% SDS。

未绑定和绑定的馏分进行处理如下：

5.1.add 0.33卷（330ul）酚/氯仿；涡旋（13000rpm，10 min，离心）。将有机相界面；这是用于分离免疫沉淀的蛋白质（见下文）。
5.2.transfer以等体积水的上清液（1毫升）酚/氯仿；涡流和旋转（13000转，10min，离心）5.3.transfer上清等体积（1毫升）ofchloroform；涡流和旋转（13000转，10分钟，离心）5.4.transfer S / N到一个干净的离心管，加入0.1vol（100ul）4 M氯化锂，50ug糖原（分子生物学级，溶解于dh20在2毫克/毫升）为载体，乙醇4卷。涡留20屈光°C过夜。
5.5.centrifuge样品（13000克，15分钟）沉淀DNA。
5.6.wash颗粒用70%乙醇使DNA 250ul TE缓冲液。
5.7.tore样品在20 C或进行°检测方法（PCR，微阵列，等）。
5.8.pcr是用来量化的特定位点DNA水平。这种半定量分析（PCR端进行琼脂糖凝胶电泳分析）引物，可以使用下面的URL设计。
DNA水平是通过实时PCR定量测定。probesare经常设计提供引物和实时PCR装置usingsoftware。

6。分离蛋白

6.1.to第一酚/氯仿相（见DNA分离；STEP1）add5ul的1毫克/毫升溶液BSA（作为载体（4UL）），0.01卷10 M H2SO4和丙酮12卷。
6.2.after降水20°C洗蛋白颗粒一旦inacidified丙酮（1:6 100毫米硫酸：丙酮）和3次干燥丙酮。蛋白通过SDS-PAGE分析。